Хэдэн зууны дараах ирээдүй. Орхигдож, хаягдсан Алитаг кибер эмч олж, киборгуудыг эмчилдэг өөрийн эмнэлэгтээ авчирна. Алита ухаан ороход ой санамжаа бүрэн алдсан байлаа. Өөрийн хэн болохыг олж мэдэх хүслээр дүүрэн Алита үнэний эрэлд гарах бөгөөд энэхүү эрэл нь түүнийг дэлхийд өөрчлөлтийг авчрах агуу том тулаан руу хөтөлнө.